In passato, la chiesa di San Giovanni si trovava nella periferia nord-est della città, in contrada Jeracari. Nel 1650 quella zona apparteneva ad un feudatario di nome Melidone che la storia di Scilla vuole fosse in contrasto con i Ruffo. In quel terreno fu edificata la chiesa che sin da subito divenne meta di pellegrinaggio da tutti i rioni del paese e anche da altre località. Particolarmente assidui, ad esempio, erano i pellegrinaggi della popolazione della zona Faro di Messina. Ogni 24 giugno - Solennità della Natività di San Giovanni Battista - i contadini, attraverso certi fenomeni naturali che si verificavano, traevano auspici di buona o cattiva stagione. La chiesa venne distrutta dal terremoto del 1908. Il quadro raffigurante san Giovanni Battista che lì era custodito, venne traslato nella chiesa di san Rocco. La statua lignea di san Giovanni fu invece riposta nella chiesa donata da papa Pio X alla comunità scillese, duramente provata dalle scosse sismiche, e costruita in paese. Nello stesso edificio vennero traslati anche gli arredi liturgici (la pala d’altare, un quadro di san Giovanni, una statua lignea di sant’Antonio da Padova e arredi vari) appartenuti al convento dei padri cappuccini che era intitolato alla Visitazione di Maria, che si trovava sul luogo dove oggi sorge l’anfiteatro nella villa comunale. La memoria dell’antico tempio però era ancora forte negli scillesi e così, nel 1939, il sig. Domenico Siclari fece costruire una piccola edicola di fronte ai resti della chiesa distrutta. L’edicola, munita di tettoia, era riparo sia dal sole che dalla pioggia per tutti i contadini e boscaioli che da lì passavano, oltre che meta di pellegrinaggio. Alla fine degli anni ’80 del XX secolo si formava un comitato nato per la cura dell’edicola e per la ricostruzione della chiesa. Con i fondi raccolti, fu restaurata l’edicola e fu collocata all’interno della nicchia marmorea una statuetta di San Giovanni. Era il 24 giugno 1988 quando, alla presenza del popolo scillese, l’allora arciprete don Mimmo Marturano benediceva la ristrutturata edicola votiva. Anche se quasi interamente distrutta, la chiesa mantiene ancora l’antico portale in pietra granitica, un’acquasantiera in marmo bianco posta a destra dell’ingresso e la croce in ferro.