La finalità del Centro Missionario è la stessa di tutta la chiesa: evangelizzare! All'interno di questo fine, il Centro Missionario si propone come obiettivo: "far crescere la missionarietà nella vita e nelle attività della Comunità, favorendo una profonda coscienza della missione e la nascita di nuovi stili di vita, per diffondere nel mondo i valori evangelici a servizio del Regno di Dio".

Esso vuole essere:
- segno della cooperazione e scambio tra le Comunità 
- promotore della solidarietà tra i popoli
- spazio di ascolto e di dialogo ecumenico e interreligioso
- strumento di educazione alla mondialità
- luogo di preghiera e di ascolto della Parola

Il Centro Missionario si pone anche l'obiettivo di offrire alla Comunità e alla società una formazione missionaria il più completa possibile e di proporre stili di vita che testimonino la scelta preferenziale dei poveri, la sobrietà, la trasparenza.